Современный ландшафт Нидерландов складывался не одно столетие, в процессе его формирования важную роль играли особенности геологического строения. Страна находится в пределах Североморской низменности, включающей также часть Бельгии, северной Франции, северо-западной Германии, западной Дании и восточной Англии. Эти территории испытывают погружение, достигающее максимальных масштабов в Нидерландах. Этим объясняется преобладание низких абсолютных высот на большей части страны и подверженность наводнениям. Кроме того, во время последнего материкового оледенение на северо-востоке и в центральной части Нидерландов накапливались песчаные и галечниковые толщи, а в краевой зоне ледникового покрова образовались невысокие напорные моренные гряды.

За пределами области оледенения на юге Нидерландов, быстрые реки Рейн и Маас отложили мощные песчаные толщи. Временами, когда уровень моря понижался, эти реки вырабатывали более глубокие русла; при этом формировались речные террасы и невысокие междуречья, характерные для южных провинций. По окончании ледникового периода на побережье страны образовались песчаные дюны, а за ними – обширные мелководные лагуны, которые постепенно заполнялись аллювиальными и морскими отложениями; впоследствии там возникли болота.

Расположение Нидерландов в умеренных широтах на приатлантических низменностях Европы определяет климатические особенности страны. Из-за ее малых размеров и отсутствия значительных возвышенностей климатические различия выражены слабо. Круглый год, но особенно зимой, над страной проносятся циклоны со стороны Атлантики. Небо часто затянуто облаками, типична пасмурная, быстро меняющаяся погода с густыми туманами. В среднем за год бывает всего 35 ясных дней.

Благодаря преобладанию западных ветров, дующих с Северного моря, зимой в Нидерландах обычно устанавливается мягкая погода, а летом – прохладная. Средняя температура января 2° С. Зимой бывают непродолжительные периоды с отрицательными температурами, чередующиеся с оттепелями. Снегопады очень редки, и даже зимой осадки выпадают в виде дождя. Сильные морозы бывают в исключительных случаях; только при вторжении холодного воздуха с востока образуется лед на оз. Эйсселмер и в низовьях Рейна. Но если все же формируется безопасный ледовый покров, нидерландцы с удовольствием отправляются кататься на коньках по каналам. Средняя температура июля +16—17 С. Летом периоды прохладной погоды чередуются с жаркими днями.

Среднегодовое количество осадков 650—750 мм, их максимальное количество приходится на август-октябрь.

Климатические условия Нидерландов благоприятствуют росту кормовых трав, а также зерновых, технических и плодовых культур, дающих высокие урожаи. Благодаря продолжительному безморозному периоду овощи можно выращивать в открытом грунте с ранней весны до поздней осени.

Воду можно назвать одним из природных богатств Нидерландов. На территории страны очень густая речная сеть, сходящиеся на ней устья Рейна, Мааса и Шельды образуют обширную общую судоходную дельту. Реки полноводны и приносят массы наносов, но нередко их русла несут опасность наводнений. Если во время весеннего паводка воды Рейна сталкиваются с приливной волной, проникающей вверх по рукавам дельты, реки выходят из берегов, разрушают плотины и разливаются по окружающим низинам.

Чтобы этого избежать, на берегах рек возводятся защитные дамбы. Кроме того, существующая система каналов со шлюзами способствует регулированию стока и одновременно повышает навигационное значение рек.

Нидерланды известны во всем мире благодаря своим гидротехническим сооружениям по проекту «Дельта», дамбам и осушенным с помощью насосных станций польдерам. Высокой уровень воды в 1993 и 1995 годах и наводнения, происходившие в последующие годы, поставили перед страной серьезные задания, связанные с переходом на новый уровень защиты от подобных стихийных бедствий.

Среди полезных ископаемых природный газ (разведанные запасы 2 млрд. м3, 1-е место в Западной Европе). На голландской части континентального шельфа ведётся добыча нефти. Есть каменный уголь, глины.

Почвенно-растительный покров Нидерландов, несмотря на небольшие размеры страны, довольно разнообразен. На севере и востоке распространены дерково-палевоподзолистые почвы, развивавшиеся на песчаных отложениях под верещатниками и дубовыми лесами. Для этих почв характерен гумусовый горизонт мощностью до 20 см с содержанием гумуса более 5%. Во многих местностях накопление гумуса искусственно стимулировалось, и естественные почвы там фактически погребены под темноокрашенным слоем - смесью навоза, дерна, лесной подстилки и песка. Эти почвы по своим пахотным свойствам занимают одно из первых мест в Европе.

Польдеры, почти полностью используемые для нужд сельского хозяйства, сложены преимущественно глинами и торфами. Здесь сохранились вересковые пустоши (низкотравье с кустарничками) и сосново-дубово-буковые леса. Плато южного Лимбурга покрыты лёссом эолового происхождения.

Влажный климат и плоский низменный рельеф территории Нидерландов способствовали образованию здесь болот, которые подверглись значительной мелиорации. Нередко болотный торф перекрыт минеральным грунтом, поднятым из канав или при их периодической очистке, или при глубокой перепашке. Весьма своеобразны почвы речных долин по Рейну и Маасу, а также почвы маршей.

Леса покрывают 7,6% территории страны, в основном в виде рощ. Представлены дуб, бук, граб, ясень.

В процессе освоения человеком территории Нидерландов многие виды диких животных были вытеснены из мест своего обитания. Тем не менее, в стране встречается немало птиц, особенно водоплавающих. Многие редкие виды животных находятся под охраной в национальных парках и заповедниках.

Сохранились главным образом, те виды диких животных, которые обитают на сырых лугах, в водоемах и каналах. Расширение масштабов мелиорации ухудшило условия обитания птиц, и только в отдельных прибрежных местностях еще сохранились относительно большие колонии. В Нидерландах насчитывается около 180 видов птиц. А во время зимних перелетов тысячи водоплавающих птиц попадают в Нидерланды. На севере страны, на отмелях Ваттового моря, отделяющего Западно-Фризские острова от материка, зимуют белолобые гуси, короткоклювые гуменники, белощекие казарки, масса чаек и куликов. Кроме того, здесь обитает самая южная популяция гаги. Обилие чибисов и больших веретенников характерно для маршей. На самом побережье распространены большие кроншнепы, травники, турухтаны.

Сознательное отношение населения Нидерландов к окружающей среде стало часть образа жизни каждого гражданина этой страны после опубликования отчета Римского клуба «Границы роста». В нем предсказывалось истощение ресурсов нефти и газа. Именно поэтому Нидерланды очень ответственно подходят к энергозатратам страны, а также сохранению баланса между человеческой деятельностью и окружающей средой.

В такой густонаселенной стране, как Нидерланды, очень важно обеспечивать охрану особых природных зон. Поэтому государство покупает и управляет особо ценными природными зонами. Кроме того, оно практикует финансирование частных инстанций для приобретения ими подобных зон и управления. В Нидерландах широкое распространение получило такое явление как заключение прямых договоров между фермерами и государством. Согласно договору фермеры берут на себя обязательства по охране природы на собственной земле или на земле, находящейся в ведении какой-либо организации по защите природы. Приняв в 1990 году план природопользования, государство продемонстрировало намерение вернуть природе в Нидерландах то место, которое ей должно принадлежать. Большое значение при этом имеет Основная Экологическая Структура, сеть связанных одна с другой природных зон. Эта сеть природных зон должна обеспечить существования растений и животных в будущем. В качестве цели на 2018 год ставится достижение общей площади природных зон в 700 тысяч гектаров